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默克乙腈的使用方法因其应用领域不同而有所差异，具体如下：
色谱分析：
生物化学实验：
药物合成：默克乙腈是非质子性极性溶剂，可抑制副反应发生，广泛用于克拉屈滨、维生素 B1、甲硝羟乙唑等原料药的合成反应。可根据具体的合成反应要求，将乙腈作为反应溶剂加入到反应体系中，参与化学反应。
萃取分离：可用于水果和蔬菜中药物残留物的定量检测，以及水样中多环芳烃（PAHs）等有机污染物的提取。例如，采用液 - 液萃取方式，将乙腈与样品溶液混合，振荡或搅拌，使目标物质转移至乙腈相中，然后通过分液等操作分离出含有目标物质的乙腈层，实现目标物质的萃取富集。
电子工业：高纯度的默克乙腈可用作半导体清洗剂，用于清洗硅片上的油脂、蜡、指纹等残留物。使用时，可将硅片浸泡在乙腈溶液中，或通过喷淋等方式使乙腈与硅片表面接触，然后用去离子水冲洗等方法去除残留物和乙腈，达到清洗目的。
此外，在使用默克乙腈时，需注意其具有一定毒性和挥发性，应在通风良好的环境中操作，佩戴好防护眼镜、手套等防护用具。同时，乙腈蒸气易爆，要远离火源和强氧化剂。